Mezi nejkontroverznější Fischerova rozhodnutí patří jeho vášnivá podpora Celosvětové boží církve, která se spíše vyznačovala rysy náboženské sekty, v 60.letech. Velký odpor vzbudil také jeho vyhrocený antisemitismus. Ten je o to podivuhodnější, že jeho matka i pravděpodobný otec byli Židé. Dalších kontroverzí a skandálních výroků kolem Bobbyho Fischera jsou desítky a týkají se jak jeho životních postojů, tak i vztahu k šachové hře.
